返回艾爾達(dá)星后，林凱以為一切結(jié)束了。
但宇宙的平衡并非一蹴而就。
遺跡的能量波雖消滅了暗影母體，卻在銀河系各處引發(fā)了異常現(xiàn)象：行星軌道偏移、恆星脈動不穩(wěn)，甚至一些人出現(xiàn)了預(yù)知夢境。
林凱在星港的控制室里，盯著螢?zāi)簧系膱蟾妫闹@是遺跡的“馀波”——古文明的能量在調(diào)整宇宙的結(jié)構(gòu)。
艾拉走進(jìn)來，手里端著一杯熱飲。「凱，你又沒睡。聯(lián)邦政府發(fā)來訊息，他們想見你。」
「他們想利用遺跡的知識。」林凱嘆氣。
聯(lián)邦是核心星域的統(tǒng)治者，戰(zhàn)爭后他們急需技術(shù)來重建。他不信任他們，尤其是聽說維克的殘黨仍在活動。
莉亞從門外進(jìn)來，她已成為艾爾達(dá)的防衛(wèi)長官。
「我剛從邊境回來，有報告說扎克的訊號從遺跡傳出。他還活著？」
林凱一驚。扎克自愿犧牲，守護(hù)遺跡，但現(xiàn)在的訊號顯示他被困在多維空間。
團(tuán)隊決定救援。他們重新啟動獵鷹號，這次帶上新裝備：從遺跡取回的空間穩(wěn)定器。
途中，他們遭遇聯(lián)邦巡邏艦。艦長通訊：「林凱，你涉嫌盜取古科技。立即投降。」
林凱巧妙回避，進(jìn)入星云隱藏。但在過程中，艾拉發(fā)現(xiàn)自己懷孕了。這消息讓林凱既喜且憂，他發(fā)誓要為未來而戰(zhàn)。
抵達(dá)遺跡時，浮空城市已變形，暗影的殘馀能量扭曲了結(jié)構(gòu)。
扎克被困在能量泡中，意識模糊。他喃喃：「暗影沒死……它進(jìn)化了。」
救援成功，但扎克帶來壞消息：暗影母體分裂成無數(shù)碎片，散布宇宙，尋找新宿主。林凱意識到，終焉之地的戰(zhàn)斗只是開始。