返回艾爾達星后，林凱以為一切結束了。
但宇宙的平衡并非一蹴而就。
遺跡的能量波雖消滅了暗影母體，卻在銀河系各處引發了異常現象：行星軌道偏移、恆星脈動不穩，甚至一些人出現了預知夢境。
林凱在星港的控制室里，盯著螢幕上的報告，心知這是遺跡的“馀波”——古文明的能量在調整宇宙的結構。
艾拉走進來，手里端著一杯熱飲。「凱，你又沒睡。聯邦政府發來訊息，他們想見你。」
「他們想利用遺跡的知識。」林凱嘆氣。
聯邦是核心星域的統治者，戰爭后他們急需技術來重建。他不信任他們，尤其是聽說維克的殘黨仍在活動。
莉亞從門外進來，她已成為艾爾達的防衛長官。
「我剛從邊境回來，有報告說扎克的訊號從遺跡傳出。他還活著？」
林凱一驚。扎克自愿犧牲，守護遺跡，但現在的訊號顯示他被困在多維空間。
團隊決定救援。他們重新啟動獵鷹號，這次帶上新裝備：從遺跡取回的空間穩定器。
途中，他們遭遇聯邦巡邏艦。艦長通訊：「林凱，你涉嫌盜取古科技。立即投降。」
林凱巧妙回避，進入星云隱藏。但在過程中，艾拉發現自己懷孕了。這消息讓林凱既喜且憂，他發誓要為未來而戰。
抵達遺跡時，浮空城市已變形，暗影的殘馀能量扭曲了結構。
扎克被困在能量泡中，意識模糊。他喃喃：「暗影沒死……它進化了。」
救援成功，但扎克帶來壞消息：暗影母體分裂成無數碎片，散布宇宙，尋找新宿主。林凱意識到，終焉之地的戰斗只是開始。